Awal berdiri sekolah pada Tahun 1984. Kala itu nama sekolah adalah STM Muhammadiyah 01 MEDAN yang beralamat di Jl. Kapten Muslim Gg. Jawa Sei Sikambing C II Medan. STM Muhammadiyah 01 Medan di kelola oleh Pimpinan Daerah Muhammadiyah (PDM) Kota Medan. SK Pendirian Sekolah : 1649/II-97/SU-84/1985 dan Tanggal SK Pendirian : 09 Desember 1985. Jurusan yang dibuka adalah Jurusan Otomotif, Elektronika dan Bangunan Gedung. Saat itu masih satu atap dengan SD Muhammadiyah di Gg. Jawa tersebut.
Pada Tahun 1994, STM MUHAMMADIYAH 01 MEDAN pindah lokasi di Jl. Garuda Gg. Masjid Taqwa Kelurahan Sei Sikambing B Kecamatan Medan Sunggal Kode Pos 20123. Dikarenakan lokasi yang lama sudah tidak strategis untuk pengembangan sekolah. Bangunan dan gedung sekolah berdiri atas berkat Allah SWT dan kerja keras dari pengurus-pengurus Muhammadiyah baik dari ranting-ranting Muhammadiyah di Kota Medan, cabang-cabang Muhammadiyah di Kota Medan yang menyumbangkan dananya untuk pembangunan gedung.
Pada Tahun 2000 yang awalnya sekolah bernama STM MUHAMMADIYAH 01 MEDAN berubah nama menjadi SMKS MUHAMMADIYAH 9 MEDAN. Hal ini karena pada Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor 036/O/1997 tentang: Perubahan Nomenklatur SMKTA menjadi SMK Serta Organisasi dan Tata Kerja SMK. Sehingga seluruh nomenklatur yang terdiri dari: STM, SMT, SMEA, SMSR, SMKK, SMKI, SMIP, SMTK, SMPS dilebur jadi satu nama yaitu SMK (Sekolah Menengah Kejuruan). Dan di saat itulah jurusan Bagunan Gedung di tutup disekolah kita, karena sudah tidak ada siswa yang berminat untuk masuk ke jurusan tersebut. Guru-guru yang mengajar mata pelajaran kejuruannya di alihkan ke mata pelajaran exacta seperti : Kimia, Fisika dan Matematika.
Pada Tahun 2015, SMKS Muhammadiyah 9 Medan membuka gedung baru di Jl. Flamboyan Raya Gg. K.H. Ahmad Dahlan No. 22 Kelurahan Tanjung Selamat Kecamatan Medan Tuntungan. Hal ini dikarenakan domisili siswa SMKS MUHAMMADIYAH 9 MEDAN lebih banyak di daerah tersebut.
Bersamaan dengan itu maka dibukalah jurusan/Program keahlian baru yaitu Teknik Komputer dan Jaringan (TKJ). Sehingga Jurusan/Program Keahlian pada saat itu yang ada di sekolah adalah : Teknik Audio Video (elektronika), Teknik Otomotif Berkembang menjadi Teknik Kendaraan Ringan (TKR) dan Teknik Sepeda Motor (TSM), dan Teknik Komputer dan Jaringan (TKJ).
Kemudian Gedung SMKS Muhammadiyah 9 Medan yang berada di Jl. Garuda Gg. Masjid Taqwa Sei Sikambing B ditetapkanlah menjadi Gedung 1 (Pusat Kepemimpinan/Administrasi). Sedangkan Gedung SMKS Muhammadiyah 9 Medan yang ada di Jl. Flamboyan Raya Gg. K.H. Ahmad Dahlan Tanjung Selamat ditetapkan menjadi Gedung 2.
Pada Tahun 2018, SMKS MUHAMMADIYAH 9 MEDAN mendapat bantuan dari pemerintah dengan program Bantuan RPS (Ruang Praktik Siswa). Dialokasikanlah bantuan tersebut untuk membangun Ruang Praktik Siswa pada jurusan TKJ dan di fungsikan menjadi Ruang LAB TKJ di Gedung 2 SMKS MUHAMMADIYAH 9 MEDAN.
Pada Tahun 2020, SMKS MUHAMMADIYAH 9 MEDAN mendapat kepercayaan dari Pemerintah untuk mengikuti Program COE (Centre of Excellent) yang merupakan sekolah Pusat Keunggulan. Program-program yang di jalani adalah: Budaya Kerja, Penyelarasan Kurikulum dengan Dunia Kerja, Pengadaan Buku Pembelajaran secara Manual dan Digital, Peningkatan Kompetensi Guru, dan Guru Tamu dari DUDI.
Pada Tahun 2021, SMKS MUHAMMADIYAH 9 MEDAN kembali terpilih untuk mengikuti Program Pemerintah yaitu Program SMK PK 1 dan Jurusan/Program Keahlian yang terpilih adalah Teknik Komputer dan Jaringan (TKJ). Sehingga bersamaan dengan itu maka di bentuklah kelas Industri TKJ yang bekerja sama dengan PT. Telkom Indonesia. Program-program yang di laksanakan adalah: In House Training (IHT), Penyusunan Peta Jalan (Road Map), Link & Match (8+i) bersama DUDI dari PT. Telkom, Penguatan Karakter Budaya Kerja Berbasis Profil Pelajar Pancasila, Penguatan Ekosistem GSM (Gerakan Sekolah Menyenangkan), Penerapan sekolah Bebas Perundungan (Bulliying), Pengembangan Platform Teknologi, dan Penelusuran Tamatan.
Pada Tahun 2022, SMKS MUHAMMADIYAH 9 MEDAN kembali terpilih untuk mengikuti Program SMK PK 2 Jurusan/Program Keahlian yang terpilih adalah Teknik Kendaraan Ringan. Program-program yang di laksanakan adalah: Implementasi Pembelajaran Kurikulum Merdeka, IHT IKM, Link & Match, Penguatan Budaya Kerja, Penerapan Sekolah Bebas Perundungan (Bullying), Penguatan Karakter Berbasis Mindset Change, Implementasi Penguatan Profil Pelajar Pancasila, Sharing Praktik Baik (Best Practise), Penyusunan Dokumen Administratif TEFA, Kewirausahaan Berbasis Digital Marketing, dan Perencanaan Berbasis Data.
Pada tahun 2023, SMKS MUHAMMADIYAH 9 MEDAN kembali terpilih untuk mengikuti Program SMK PK 3 Jurusan/Program Keahlian yang terpilih adalah Teknik Kendaraan Ringan. Program-program yang di laksanakan adalah: Link & Match, Penguatan BKK, Job Fair, pemanfaatan sarana dan prasarana pendukung penyelenggaran Teaching Factory (TeFa), bersama komite sekolah dalam pengembangan kerja sama dengan dunia kerja, Peningkatan kapasitas Kepala Sekolah, dan Peningkatan Kapabiltas GTK.
Pada tahun 2025, SMKS MUHAMMADIYAH 9 MEDAN terpilih untuk mengikuti Program Revitalisasi 2025 tahap 7. Dan saat ini masih berjalan.